Menurut catatan sejarah, hubungan Soekarno dan Soeharto mungkin hanya dikenal sebagai hubungan antara dua presiden di masa yang berbeda. Surat perpindahan kekuasaan dari kedua mantan presiden tersebut, yang hingga saat ini belum dipastikan isi aslinya seperti apa, seolah menekankan bahwa Soekarno dan Soeharto tidak pernah bekerja sama dengan baik. Padahal faktanya, jauh sebelum kejadian Supersemar terjadi, Soeharto sebagai panglima telah berbakti pada negara. Bakti yang ia lakukan untuk Indonesia di bawah kepemimpinan Presiden Soekarno.
Salah satu bukti bahwa Soeharto telah berbakti pada negara di bawah kepresidenan Soekarno adalah ketika dua Komando Mandala dibentuk tanggal 2 Januari 1962. Tepat 57 tahun yang lalu, Soekarno membentuk dua buah komando untuk operasi pembebasan Papua Barat, yang dikenal sebagai Operasi Trikora. Melalui Keputusan Presiden No. I/1962, Soekarno menugaskan Soeharto untuk memimpin satu komando, yaitu Komando Mandala Pembebasan Irian Barat. Komando yang dipimpin Soeharto ini diisi oleh Wakil Panglima I Kolonel Laut Subono, Wakil Panglima II Kolonel Udara Leo Wattimena, dan Kepala Staf Umum Kolonel Ahamd Thahir.
Selain yang dipimpin oleh Soeharto, sebuah komando lain yang dibentuk oleh Soekarno untuk Operasi Trikora adalah Komando Mandala Tertinggi Pembebasan Irian Barat. Komando ini dipimpin oleh Soekarno sendiri. Sedangkan di bawah Soekarno, ada Wakil Panglima Besar Jenderal AH Nasution dan Kepala Staf Mayor Jenderal Ahmad Yani. Kedua komando, baik yang dimpimpin oleh Soekarno maupun Soeharto, berlokasi di Makassar. Alasannya karena Makassar memiliki letak geografis yang cukup dekat dengan Papua Barat.
Sebenarnya, apa tujuan dibentuknya Komando Mandala? Komando ini dibentuk oleh Soekarno untuk merespons tindakan Belanda yang tidak kunjung mengubah sikapnya terkait integrasi Papua Barat ke Indonesia. Belanda terus menolak dan tidak kunjung menerima tawaran negosiasi Indonesia. Konfrontasi pun dilakukan oleh Soekarno.
Dalam hal yang lebih spesifik, tugas Komando Mandala ini ada dua. Pertama, merencanakan, mempersiapkan, dan menyelenggarakan operasi militer untuk mengembalikan Papua Barat (Irian Barat) ke dalam kekuasaan Republik Indonesia. Kedua, mengembangkan situasi militer di Irian Barat.
Ketika melakukan konfrontasi ini, Soeharto selaku Panglima Mandala telah mempersiapkan tiga tahapan yang berbeda. Pertama, tahap infiltrasi (penyusupan). Tahap ini bertujuan untuk memasukkan sepuluh kompi di sekitar sasaran-sasaran tertentu untuk menciptakan daerah yang kuat dan sulit dihancurkan oleh musuh. Kedua, tahap eksploitasi, yaitu mengadakan serangan terbuka terhadap militer lawan dan menduduki semua pos pertahanan musuh yang penting. Ketiga, tahap konsolidasi, yaitut tahap memperkuat kedudukan Indonesia di Papua Barat dan menegakkan kedaulatan di wilayah tersebut.
Berbicara tentang Komando Mandala, perlu dipahami bahwa komando ini merupakan bagian penting dari Operasi Tri Komando Rakyat (Trikora). Operasi ini dilancarkan oleh Soekarno di alun-alun utara Yogyakarta. Operasi ini berlangsung dari tanggal 19 Desember 1961 hingga tanggal 15 Agustus 1962.
Salah satu titik penting dari Operasi Trikora ini adalah tanggal 15 Januari 1962. Di tanggal itu, Pertempuran Laut Aru antara Indonesia dan Belanda pun pecah. Amerika Serikat yang ketakutan bahwa blok komunis akan mengambil keuntungan dari pertempuran ini meminta Belanda untuk melakukan perundingan dengan Indonesia. Persetujuan New York pun tercapai di tanggal 15 Agustus 1962. Persetujuan ini menjadi awal dari perundingan-perundingan yang berakhir dengan bergabungnya Papua Barat ke Indonesia.